Pojęcia: programowanie genetyczne czy komputer DNA oraz komputer chemiczny, zostały już zawłaszczone przez sprawy, nie mające wiele wspólnego z rzeczywistym programem nici DNA. Dlatego muszę zaproponować nowe – odnoszące się jednoznacznie do programu ukrytego w genomie oraz komputera odczytującego ten program.
1.01. Organiczny komputer
Krzem, to drugi po tlenie, najliczniej reprezentowany pierwiastek na Ziemi. Znajduje się również w organizmach wszystkich istot żywych, człowiek potrzebuje go około 20-30 mg dziennie. Buduje nasze ścięgna, naczynia krwionośne, zastawki serca, skórę, a przed wszystkim układ kostno-stawowy. Tak więc, gdy mówimy o komputerze krzemowym, w dużym stopniu dotyczy to również nas.
W doświadczeniach opisanych w rozdziale Ściąganie z budulca mogliśmy spotkać się ze zwrotami: biokomputer, komputer chemiczny, komputer DNA. Dla określenia działań informatycznych zachodzących w organizmach chciałem użyć podobnych definicji, ale mają już inne, silne konotacje w nauce, mogące wprowadzać w błąd. Dlatego proponuję nazwać maszynerię uruchomioną i nadzorowaną w organizmach żywych organicznym komputerem, gdyż to związki organiczne nukleotydów przechowują, odczytują i realizują zadania ukryte w genomie, podobnie jak w dzisiejszych komputerach, płytki krzemowe mnożą i dzielą informatyczne bity.
1.02. Program życia
W mrozie rzeźbiącym wzory na szybie, można dostrzec cudowność natury. Śnieżynki, kładące się białym puchem w ogrodzie, przywiodą na myśl świąteczną choinkę, prezenty i ciepło rodzinnego spotkania. Dobrze, że żyjemy w materialnym świecie. Lecz gdy spojrzymy na te same płatki śniegu jak na wzór matematyczny, to uznamy, że to już jest magia, cud zaklęty w formule… Oba spojrzenia są prawdziwe.
Człowiek to zlepek 10.000.000.000.0000.000 atomów. Każdego dnia czuję tę materię w sobie. Gdy zaspany idę do łazienki i uderzam łokciem we framugę, orbity elektronów zderzają się, a moje ciało przeszywa ból; gdy siadając do komputera, wypijam pierwszy łyk kawy, w ciele budzi się energia do pracy. Do opisania działań mego wszechświata muszę sięgnąć po funkcje matematyczne, rozbić materię na kod binarny, by ułożyć w przejrzysty sposób. Księga życia zakodowana w DNA nie jest zwykłą książką, nawet najbardziej pasjonującą, z wielowątkową intrygą i wyrazistymi bohaterami. To dzieło interaktywne. Bohaterowie są znani, ale ich dalsze losy zależne również od nastawienia psychicznego czytelnika, a nawet od miejsca, w którym czyta on księgę życia.
Komputer krzemowy nie przetwarza liczb z miłości dla nich samych – to my zmuszamy atomy do zmiany potencjału energetycznego, do obliczenia prędkości ucieczki wszechświata, obliczenia wytrzymałości betonu w tamie. Komputer organiczny nie zna matematyki, ale my, dzięki niej, możemy zrozumieć księgę zawartą w ponad trzech miliardach liter. Dlatego, dla informacji zapisanej w nici nukleotydów, proponuję używać nazwy program życia, gdyż jest to oprogramowanie specyficzne tylko dla organizmów żywych.
1.03. Dwoistość nici DNA
Zbyt niska wilgotność, jak podczas suszy czy mrozów, skręca białka w określony sposób. Nasiona zamykają się, uszczelniając wnętrze przed utratą wilgoci, w oczekiwaniu na lepszy, odpowiedni do rozwoju czas. Wilgoć – kropli deszczu, nasiąkniętej gleby – powoduje skręcenie łańcuchów białkowych w odmienny sposób. To chemiczne aspekty życia, przetestowane w niezliczonych próbach do podążenia tę najlepszą dla organizmu ścieżką drzewa algorytmów.
Lecz wtedy następuje przejście do informatycznego etapu. Podwójna helisa zostaje odblokowana i zaczyna się informatyczne odczytywanie programu życia. Maszyneria zostaje wprawiona w ruch, nasionko wypuszcza kłącza, zaczyna się budzić nowe życie. Tylko w jaki sposób nić DNA może odczytywać informacje?
Wyjaśnieniem jest dwoistość kodu genetycznego. Nukleotydy są zarazem materiałem jak i nośnikiem informacji. Materiałem, w czasie budowy białek z aminokwasów oraz dalszego nadzoru nad metabolizmem organizmów – a nośnikiem informacji, podczas odczytywania instrukcji: w jakich ilościach, w jakiej kolejności, z jakiego rodzaju składników, należy je zbudować.
Większość, nie tylko genetyków, patrzy na nić DNA jak na magazyn części do budowy białek. W nukleotydach widzi tylko atomy, łączące się w skomplikowane struktury, wchodzące w reakcje z innymi związkami chemicznymi, działające w odmienny sposób pod wpływem temperatury, ciśnienia, a przede wszystkim wilgotności. To jedna odsłona nici DNA. Gdyż – z drugiej strony – genom jest instrukcją, zapisaną przy pomocy dostępnego materiału. Ta dwoistość – najprostsze rozwiązanie umożliwiające przekazanie informacji wraz z materiałem niezbędnym do inicjacji zadania – jest źródłem największych nieporozumień genetyki. Tylko język programów komputerowych jest w stanie przetłumaczyć ten ukryty kod na język zrozumiały dla człowieka – z rzeczownikami, czasownikami i zaimkami.
